החברה לחקר המקרא בישראל היא עמותה שנוסדה בשנת תש"י (1950) על ידי פרופסור חיים משה יצחק גבריהו ודוד בן גוריון. מטרת החברה היא הפצת לימוד התנ"ך בישראל.
עד שנת 2016 נוהלה החברה על ידי מר דני אופיר שתרם רבות לאופייה וקידם את מטרותיה. משנת 2017, עם מינויו של מר ישראל קריסטל למנכ"ל החברה, התמלאו שורותיה של העמותה בכוחות רעננים וחדורי תקווה ושאיפה לקדם את העמותה, בד בבד רוב חברי ההנהלה הוותיקים ביקשו לפרוש, כדי לפנות את מקומם לתהליך חדש ובונה.
העמותה רואה את עצמה במרכז העשייה הציבורית למען התנ"ך ולומדיו למן הנוער ועד למבוגרים בפריסה ארצית ועולמית.
מזכירות החברה לחקר המקרא מורכבת משלושה חברים קבועים, המתכנסים אחת לחודש כדי לתכנן ולבקר את פעילויות החברה השונות. ההנהלה קובעת את זמני כינוס המועצה וחבר הנאמנים ומאשרת את הפרוטוקולים וההסכמים השונים עם משרדי הממשלה. לחברי ההנהלה מצטרפת באופן קבוע הגב' ניצה קריסטל שמשמשת כמזכירה וכרושמת סטונוגרמות לתיעוד.
המועצה היא הההנהלה המורחבת של החברה לחקר המקרא שמתכנסת פעמיים בשנה.
ארבעה עשר חברי המועצה הקבועים, מתווים את הדרך ויוזמים פרוייקטים חדשניים לטובת הקהילה והאוכלוסיה על רבדיה השונים. ההחלטות מתקבלות על פי דעת הרוב ובהצבעה שמית.
